세계적인 공학박사지만 왜소한 몸집 때문에 조롱받던 카프는 어디론가 잠적한다. 그는 영희의 아버지이며 물리학박사인 윤박사를 납치한다. 그러나 미란을 눈앞에서 구하지 못한 죄책감에 시달리는 훈은 다시는 로보트 태권 브이의 조종간을 잡지 않겠다고 버틴다. 한편 훈과 영희는 카프의 비행체에 쫓기던 수엘을 구한다. 그녀는 위장된 카프의 한패로 로보트 태권 브이의 공장에 침입하여 모든 기능을 탐지한다. 수엘은 훈을 사랑하게 되지만 영희에 의해 비밀이 탄로나자 카프에게로 달아난다. 카프에게 납치된 윤박사는 우주정복을 위한 에너지90을 연구한다. 카프는 또한 훈에게 패했던 무술계챔피언들의 적개심을 이용한 무술로보트를 만든다. 이들의 힘은 대단하여 로보트 태권 브이가 위기에 몰린다. 윤박사는 훈이를 구하려는 수엘의 도움으로 에너지90을 로보트 태권 브이에게 축적시킨다. 로보트 태권 브이는 훈의 태권도솜씨에 따라 힘을 더해 무술로보트들을 제거한다. 결국 카프는 자폭하고, 그의 기지가 폭발하면서 수엘도 죽는다. 훈과 영희는 윤박사와 다른 사람들을 구해 지구로 돌아온다.
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