인도네시아 '스컬'이란 신비의 외딴 섬. 석유회사 직원인 프레드 윌슨은 그곳이 유전 지대라는 정보를 입수하고는 회사의 지원을 받아 석유를 채취하기 위해 많은 일꾼들과 함께 스컬로 향하는 중이다. 배안에는 윌슨 일행의 뒤를 몰래 따라온 프리스턴 대학의 동물학 교수 잭 프레스콧이 있다. 도중에 난파로 표류하던 미모의 배우 드완을 구조하고 섬에 도착한 윌슨 일행은 서둘러 유전 채굴 작업을 시작한다. 섬을 둘러 보던 잭은 거대한 동물의 흔적을 발견하고는 이를 프레드에게 경고하지만 프레드는 아랑곳하지 않는다. 드완 역시 섬을 둘러 보며 이국적인 섬의 정취에 즐거워 하다가 원주민들을 만난다.

스컬섬은 무인도가 아니었고, 섬에는 원주민 부족 말고도 거대한 고릴라인 킹콩이 있었다. 원주민은 킹콩의 횡포에서 벗어나기 위한 위로 제사에 드완을 제물로 삼기위해 그녀를 납치한다. 드완을 구출하려 원주민 부족으로 간 윌슨과 잭은 킹콩의 존재를 알게 되고 경이감마저 느낀다. 윌슨은 킹콩을 사로잡아 뉴욕으로 데려갈 회사 선전에 이용하려는 계획을 세우고 드완을 이용해 킹콩을 잡는데 성공한다.

윌슨 일행과 드완, 잭, 그리고 킹콩은 스컬섬을 떠나 뉴욕으로 도착한다. 킹콩을 두려워 하던 드완과 잭은 킹콩이 자신들에게는 그다지 위협적이지 않고, 오히려 드완에게는 호감까지 나타내자 킹콩을 동정하기 시작한다.
거대한 우리에 갇혀 매스컴과 대중의 이목을 끌게 된 킹콩은 드완이 보이지 않자 그녀를 찾아 우리를 탈출해 뉴욕 시내를 누비고 다닌다. 이때문에 뉴욕은 아수라장이 되고, 사람들은 킹콩의 공격을 받아 죽기도 한다.

잭은 드완이 위험에 처할 것을 막기 위해 그녀를 데리고 도망친다. 군대까지 출동하여 킹콩을 사살하려 하지만 잭은 생포할 것을 요청하는데.....