“5월 3일 토요일 밤 10시!
베이카 시네마 로비에서 만나는 거다! 잊지 마!”

검은 조직에 의해 초등학생 코난의 몸으로 작아진
고등학생 명탐정 쿠도 신이치.
천재 건축가 모리야 테이지 교수에게
가든 파티의 초대를 받았지만, 코난인 상태로는 참석할 수 없어
대리인을 부탁하려 소꿉친구 모리 란에게
목소리 변조기를 사용해 신이치로서 전화를 건다.
하지만 란이 신이치의 생일 전날인 5월 3일 밤 10시,
심야 영화를 보자고 조건을 걸어 난처해지고 만다.

약속 당일, 뉴스에서 화약 도난 사건을 보던
코난이자 신이치에게 수상한 협박 전화가 걸려 오고
의문의 남자가 도심 전체를 표적으로 한 연쇄 폭탄 테러를 예고한다.
자신에게 도전장을 내민 연쇄 폭탄 테러임을 알아챈 신이치는
범인과의 숨 막히는 대결 중,
베이카 시티 빌딩에 있는 란이 타깃이 되어
위험에 처했음을 깨닫는데…

‘명탐정 코난’, 전무후무 레전드 애니메이션의 ‘시작’!
진실은 언제나 하나!