잭 라이언은 CIA 정책연구원으로서 자신이 러시아 차기 대통령감으로 예상했던 알렉산더 네메로프가 신임 러시아 대통령이 되자 분석능력을 인정받아 CIA국장 빌 캐벗을 수행하고 러시아 핵사찰 방문길에 오른다.
러시아의 핵무기 제조 공장을 둘러보던 잭과 캐벗은 러시아 핵물리학자 세명이 실종된 것을 알아채고 이를 수상히 여긴다. 이들이 귀국한 후, 체첸과의 분쟁으로 국제적 비난을 사고있던 러시아가 체첸에 화학무기를 투하, 많은 주민을 학살하는 사건이 벌어진다. 네메로프가 온건한 인물임을 알고있던 잭은 네메로프의 소행이 아님을 주장하지만, 자신의 통치력이 의심받을 것을 염려한 네메로프는 자신이 체첸 공격을 명령했다는 성명을 발표한다.

한편, 캐벗 국장은 실종된 러시아 과학자들이 우크라이나의 구 소련군 기지에서 핵폭탄을 제조하고 있다는 정보를 입수하고 잭을 비밀요원 존 클락과 함께 우크라이나로 보낸다.
존과 잭은 1973년 중동전때 이스라엘 전투기가 추락하여 불발된 핵탄두 하나가 나찌의 부활을 위해 미-러 전쟁을 일으키려는 신나치주의자들의 손에 넘어가 이들 러시아 과학자들에 의해 재생되고 있음을 알게 된다. 그러나, 이들이 우크라이나에 도착했을 땐 이미 핵폭탄을 제조한 과학자들은 피살되고 제조된 핵폭탄은 슈퍼볼 개막전이 열리는 미국의 볼티모어로 발송된 후였다. 슈퍼볼 개막전에 대통령과 함께 참가한 캐벗 국장은 잭의 연락을 받고 대통령을 급히 피신시키지만, 얼마후 핵폭탄이 터지면서 경기장은 잿더미로 변하고, 캐봇은 사망한다.

체첸 사태로 국제적인 비난을 받아오던 네메로프는 볼티모어 사태로 또다시 난처한 입장에 빠진다. 그는 핵폭탄을 터뜨린게 자신이 아님을 강변하지만, 모든 정황상 러시아의 공격임이 확실시되자 미국 대통령은 핵무기 사용도 불사한 러시아와의 전면전을 고려하기에 이른다. 미국과 러시아 양국은 타협점을 찾지 못하고, 서로를 강력히 비난한다. 결국 핵전쟁이 불가피하다는 판단아래 서로 핵무기 발사 버튼을 누르려는 일촉즉발의 순간, 온갖 우여곡절 끝에 국방성 핵 통제센터로 달려간 잭은 핫라인으로 네메로프 대통령에게 마지막 메시지를 보내게 되는데...