학교문제를 공포영화 문법으로 풀어내 사회적 이슈를 낳았던 영화 <여고괴담>의 속편. 민아는 학교에서 우연히 일기장 하나를 발견한다. 무심코 일기를 펼치던 민아는 짧은 환상을 보게 된다. 일기장은 다름 아닌 효신과 시은이 돌려가면 썼던 둘만의 교환일기. 민아는 양호실 침대에서 일기를 읽다가 효신과 시은의 대화를 엿듣는다. 오후가 되고 신체검사로 어수선하던 학교는 효신의 죽음으로 소동이 벌어진다. 민아는 효신과 시은의 관계에 더욱 집착한다. 전편과 달리 청춘영화의 기운을 품고 있는 <여고괴담 두번째 이야기>는 동성애문제와 사제간의 사랑이라는 새로운 소재를 선택한다. 영롱한 영화음악이 극의 설득력을 고조시킨다.