마술사였던 아버지의 숨겨진 방에서 괴도 키드의 의상을 발견한 고교생 소년 카이토가 아버지가 진짜 괴도 키드였으며 사고로 돌아가신 게 아니라 살해당했음을 알게 되고, 범인을 찾기 위해 자신이 괴도 키드가 되어 사건을 추적하는 이야기