정체불명의 거대 메카가 세계 각국의 저장고를 습격해 우라늄을 탈취하는 사건이 일어난다. 국제과학기술청(통칭 ISO)의 남 박사는 이 사건이 세계정복을 꾀하는 악의 조직 개랙터가 한 짓이라고 추측한다. 건, 혁, 수나, 뼝, 용. 이 다섯 명의 소년, 소녀들로 비밀리에 결성되어 있는 특수부대인 지구방위대 독수리 오형제. 남 박사는 그들을 소집한다. 남 박사가 적의 본거지를 찾으라는 지령을 내리자 독수리 오형제는 대형전투 정탐기 제트피닉스를 타고 출동한다.