닌자고 2013년! 골드 닌자의 새로운 이야기가 시작된다. 2013년 닌자고 시리즈의 새로운 적 무적군단스톤 아미의 공격으로 위기에 빠진 닌자고 시티. 서민들을 구하기 위해 싸우며 스톤 아미에 대적할 힘을 찾아 떠나는 닌자들. 골드 닌자의 탄생! 닌자고의 새로운 만화 시리즈가 시작된다.