2030년 기계가 신체의 일부가 되는 것이 보편화된 고도의 정보화 시대. 쿠사나기 모토코를 비롯한 공안9과, 즉 공각기동대의 대원들은 미궁에 빠진 '웃는 남자(The Laughing Man)' 사건과 맞서게 된다. 시로 마사무네 원작 만화 <공각기동대>를 바탕으로, 쿠사나기 모토코가 2029년 '인형사'와 만나지 않았다는 가정하에 <극장판 공각기동대(1995)> 이후 제작된 TV 시리즈 1기.